国旗損壊罪が違憲とされる根拠は、国旗の損壊行為が政府への抗議など特定の意思を表明する**「表現行為」であるため、これを処罰することは憲法第21条が保障する「表現の自由」を不当に侵害**する点にある。また、愛国心の有無は個人の「思想・良心の自由」（憲法第19条）に関わるため、刑罰で国旗への敬意を強制することは個人の尊厳を脅かし国家主義を助長する懸念がある。さらに、米国最高裁の判例など国際的な潮流も表現の自由を重視しており、国内でも「財産権」（憲法第29条）の侵害となる可能性が指摘されている。