「さらば宇宙戦艦ヤマト愛の戦士たち」圧倒的な力を持つ白色彗星帝国に対して地球連邦艦隊が全滅した絶望的な状況の中、その前面に土方艦長率いるヤマトがワープアウトし波動砲を発射!その破壊力は白色彗星を吹き飛ばすも姿を現したのは超巨大な都市帝国だった。ここからヤマト最後の死闘が始まる。