トイレがひとつしかない場合とか、どうしても我慢できない時は仕方ないかもしれませんけど基本的には待つべきですかね〜あとはもし使うのであれば男性が使ったあとはお世辞にも綺麗とは言えない状況が多いので(女性が使ったあとも全てが綺麗という訳ではないですけれども)しっかりと使用後は次使う人が気持ちよく使えるように配慮をしてしっかりと使ったあとも綺麗にしていますという信頼を得てからでしょうかね。
コンビニによったら一つしか設置できてないとこもあるからそういうとこならどちらの方もはいっていいよ。二つ以上設置されてて性別で分けられてたらちとまずい。男性側が空いてなくて鬼気迫る状況なら、店員さんに説明して、店員さんから店内にいてるお客さんに対してご了承くださいって一言言ってもらうといいよ。どうしてもの時は男女共にあると思う。使った後は店員さんに、盗撮盗聴などの機械が付けられてないかチェックしてもらわなあかん手間はあるけど。店員さんに入ったらダメですって言われてしまったら、その店では入れないね。