自律神経を司る脳の視床下部とも近い位置関係にある上咽頭の状態が、自律神経の調整にも影響を及ぼしやすいとの見方もあり、慢性的に上咽頭炎を発症していると自律神経や免疫系に影響を及ぼし、喉だけでなく倦怠感や不安感、腎炎・関節炎など全身に症状が出てくることもあります。
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