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有限会社は2006年の法改正で新規設立が廃止され「特例有限会社」として存続する形態で、
　合同会社はその後新設された、出資者と経営者が同一で役員の任期がなく、利益配分を自由に決められるなど自由度が高い法人形態です。

主な違いは設立可否（有限会社は不可）、運営の自由度（合同会社は高い）、役員の定義（合同会社は役員という概念がない）、資金調達（合同会社は株式発行不可、特例有限会社は株式発行可能だが非公開）にあり、合同会社は設立コストや運営の柔軟性を重視する際に選ばれます。

有限会社と合同会社の主な違い

設立の可否と歴史
有限会社: 2006年の会社法改正で新規設立は廃止されました。現在存在するものは、改正前に設立された会社が「特例有限会社」として存続しているものです。
合同会社: 有限会社廃止と同時に新設された、比較的新しい法人形態です。
運営の自由度と役員

有限会社: 役員任期がない、決算公告義務がないなど、合同会社に近い自由度を持ちますが、株式会社のルールが一部適用されます。
合同会社: 役員（代表社員、業務執行社員など）の任期がなく、出資比率に関わらず利益配分を自由に決められるなど、運営の自由度が非常に高いです。

出資者数と資本金
有限会社（特例）: 設立時の最低資本金は300万円。出資者数に制限がありました（50名以下）。
合同会社: 資本金1円から設立可能で、出資者数に制限はありません（1人でも可能）。

資金調達（株式発行）
有限会社（特例）: 株式発行はできますが、公開（上場）はできません。
合同会社: 株式を発行して資金調達することはできません（資金調達手段が限られます）。

社会的信用性
有限会社（特例）: 設立が2006年以前の制度であるため、一定の歴史と信頼性があると感じる人もいます。

合同会社: 設立コストや運営の柔軟性が魅力ですが、株式会社に比べると社会的信用度が低いと感じられることもあります（特に資金調達面）。

まとめ
有限会社: 現在は新規設立不可。旧制度の会社が存続している形態。

合同会社: 新設可能。設立・運営の自由度が高く、コストを抑えたい個人事業主の法人化などに人気。
これから起業するなら、合同会社か株式会社の選択肢となり、目的（資金調達、運営の自由度など）に合わせて選ぶのが一般的です。