瓢箪鯰は主に淡水域に生息しています。 日本では、特に河川や湖沼、湿地帯などの水域で見られます。 具体的には、関東地方や中部地方の河川に多く生息しており、特に茨城県や埼玉県の水域が知られています。 環境としては、流れの緩やかな場所や水草が豊富なエリアを好む傾向があります。